El ICBM se constituyó para cumplir tres grandes objetivos: excelencia, renovación e integración.

El ICBM aspira a la excelencia en el cumplimiento de las funciones académicas de docencia, investigación y extensión o servicio a la comunidad. Con el propósito de facilitar el cumplimiento de este objetivo, simultáneamente con la creación del ICBM se inició una importante renovación de sus cuadros académicos y se generaron políticas para asegurar que esa renovación sea una característica permanente del Instituto.

La renovación también incluye una constante modernización de los programas y técnicas docentes, de los temas y métodos en la investigación y del diálogo con la comunidad en las tareas de extensión y servicios.

La integración tiene varias dimensiones para el Instituto de Ciencias Biomédicas. Se busca la integración transversal de todas las ciencias biomédicas, disciplinas cuyas tradicionales separaciones se han ido borrando debido al avance de la ciencia mundial hacia los enfoques moleculares en toda el área biológica.

Los 240 académicos que componen el Instituto se agrupan en nueve Programas Disciplinarios que orientan el desarrollo de las siguientes disciplinas: Biología Celular y Molecular, Farmacología Molecular y Clínica, Fisiología y Biofísica, Genética Humana, Inmunología, Microbiología y Micología, Anatomía y Biología del Desarrollo, Fisiopatología y Virología.

Las políticas del ICBM estimulan la colaboración de estos distintos grupos disciplinarios en todas las tareas académicas y para facilitar estas interacciones existen también otras instancias de asociación en torno a problemas relevantes de la biomedicina. Algunas de estas áreas son: Neurobiología, Epidemiología de infecciones prevalentes en Chile, Biología de las membranas y transducción de señales, Toxicología y medio ambiente, Patología de la hipoxia y la isquemia, Enfermedad de Chagas, Fisiología en Condiciones Extremas, Genómica Funcional, Cáncer, Bioinformática, Envejecimiento, Desarrollo embrionario y reproducción y Trasplantes e inmunocompatibilidad.